总督漕运公署明初始设于淮安,最初在城南府街永安营(今楚州宾馆处),嘉靖16年(1537),都御史周金改建于城隍庙东(今楚州广电局处)。现遗址在元代为淮安路总管府,明初为淮安府衙,不久即改为淮安卫署。万历7年(1579),改为总督漕运部院衙门(淮安卫署则搬到原总督漕运公署处,即城隍庙东)。
原署经过多次修建,规模宏大,有213间,在中轴线上有大门、二门、大堂、二堂、大观楼、淮河节楼;东侧有官厅、书吏办公处、东林书屋、正值堂、水土祠及一览亭;西侧有官厅、百录堂、师竹斋、来鹤轩等。大门前有照壁,东西有牌坊。上述建筑抗战时被日机炸毁。1988年,淮安市政府于遗址上重建门厅9间,中间3间面阔11米,门额为"总督漕运部院"横匾。东西各3间,均面阔9米。进深均5檩3米,檐高4米,青砖小瓦,明柱,抬梁式。
2002年8月,在漕运广场施工时,大堂等建筑物墙基、 础及其它文物被发现,漕署遗址重现于世。2002年再次重建门厅9间,门额为"总督漕运部院"横匾,建设了漕运总督部院遗址公园,2002年10月被公布为江苏省级文物保护单位。